תנאי האחסון של מיקרוסקופים מורכבים כוללים בעיקר את ההיבטים הבאים:
הוכחת לחות: המיקרוסקופ צריך להיות מאוחסן בסביבה יבשה, ולחות מקורה מומלץ לשמור על מתחת ל 65%. באזורים לחים יש להגדיר מסיר לחות להפחתת הלחות. מיקום האחסון צריך להיות רחוק מהקיר, מהקרקע ומקור הלחות. 1 ~ 2 שקיות של ג'ל סיליקה ניתן להכניס לתיבת המיקרוסקופ כביבש, ויש לאפות את ג'ל הסיליקה לעיתים קרובות. לאחר שהצבע הופך לרוד, יש לאפות אותו בזמן ואז להמשיך להשתמש בו לאחר האפייה.
אבק אבק: אבק ישפיע על האור העובר ברכיבים האופטיים, ייצר כתמים וישפיע על אפקט התצפית. אבק שנפילה לחלק המכני יגביר גם את הבלאי ויגרום לחסימת תנועה. לפיכך, יש לשמור על חדר המיקרוסקופ נקי, ולכסות את המיקרוסקופ בכיסוי אבק כאשר הוא לא בשימוש.

אנטי-קורוזיה: לא ניתן למקם את המיקרוסקופ יחד עם ריאגנטים כימיים מתכלים ונדיפים ביותר, כמו חומצה גופרתית, חומצה הידרוכלורית, אלקלי חזק וכו '. אם הוא מזוהם בטעות, יש למחוק אותה מייד.
הגנת חום: כדי למנוע את העדשה להתחבר ונפילה בגלל התרחבות תרמית והתכווצות, מומלץ לשמור על טמפרטורת החדר של חדר המיקרוסקופ על 20 ~ 24 מעלות. הימנע מחשיפת המיקרוסקופ לשמש או ליד תנורים ותנורי חימום.
אטום הלם: המערכות האופטיות והמכניות של המיקרוסקופ מכוילות במדויק. במהלך השימוש והאחסון, יש צורך למנוע הלם, הימנע מרטט קשה ואור שמש ישיר.
ייצוב מתח: תנודות מתח האספקה לא צריכות לעלות על ± 10% מהמתח הרגיל. באזורים עם מתח לא יציב, יש להתקין מייצב מתח כדי להגן על מערכת המיקרוסקופ מפני נזק.



